Vul een grote pan met licht gezouten water en breng aan de kook op hoog vuur. Voeg de macaroni toe zodra het water kookt en breng het water terug aan de kook. Kook de pasta zonder deksel op de pan, roer af en toe, tot de pasta al dente is, ongeveer 8 minuten. Laat de pasta goed uitlekken in een vergiet in de gootsteen.
Smelt de boter in een koekenpan op middelhoog vuur. Voeg de uien toe, en roerbak de ui tot deze zacht en glazig is, ongeveer 5 minuten. Zet het vuur laag en roer de bloem, mosterd en zout erdoor. Roer dan geleidelijk de melk erdoor, zet het vuur middelhoog en laat de saus sudderen zodat het indikt (blijf voortdurend roeren), ongeveer 3 minuten.
Roer de geraspte kaas en zwarte peper door de saus tot de kaas helemaal is gesmolten en de saus mooi glad is, ongeveer 3 minuten. Roer de macaroni er als laatste door, en laat goed warm worden. Serveer.